北京治疗咳嗽最好的医院包括中日友好医院、北京协和医院和中国人民解放军总医院。这些医院在咳嗽相关疾病的诊疗方面具有显著优势，例如中日友好医院在支气管哮喘和呼吸变态反应性疾病治疗方面处于国内领先地位，北京协和医院则是我国最早的呼吸科专业科室之一，擅长多种呼吸系统疾病的治疗。

1. 中日友好医院

• 擅长领域：支气管哮喘、呼吸变态反应性疾病、咳嗽等疾病的诊治。
• 专家团队：由林江涛教授等10名博士和3名硕士组成的专家团队，经验丰富。
• 特色技术：拥有先进的支气管热成形术治疗设备，是国内少数几家能开展全肺灌洗术的医院之一。

2. 北京协和医院

• 科室优势：我国最早的呼吸科专业科室之一，擅长慢性阻塞性肺疾病、间质性肺病、哮喘、肺癌等多种呼吸系统疾病。
• 专家资源：拥有众多知名教授，如罗慰慈教授、朱元珏教授等。
• 综合实力：作为国家呼吸疑难病诊治中心，其科研和临床能力均处于国内一流水平。

3. 中国人民解放军总医院

• 专业方向：呼吸与危重症医学部是国家重点学科，擅长咳嗽、慢性咳嗽等疾病的诊治。
• 科研能力：拥有全军呼吸病研究所和北京市重点实验室，科研实力雄厚。

总结

根据以上信息，中日友好医院、北京协和医院和中国人民解放军总医院是北京治疗咳嗽的顶尖医院。患者可根据自身病情和需求选择合适的医院就诊，以获得最佳治疗效果。