医保药店被医保中心扣除部分需根据具体扣款原因进行账务处理，主要分为以下几种情况：

一、医保报销后医保中心直接扣款（常规情况）

1. 收到医保报销款时

   借：银行存款

   贷：应收账款-医保费

   *注：若每月结算，可暂挂"其他应收款"。

2. 医保中心直接扣除药店应付款时

   若医保中心直接从药店账户扣除费用（如罚款、违规扣款等），需按以下分录处理：

   • 罚款或违规扣款 ：

     借：其他应收款-医保费（罚款金额）

     贷：银行存款

   • 正常报销后补扣 ：

     借：其他应收款-医保费（应扣金额）

     贷：应付职工薪酬-医疗保险（单位负担部分）。

二、医保拒付或超支处理

1. 医保拒付时

   若医保中心拒绝支付，需将应付款转为其他应收款：

   借：其他应收款-医保费（拒付金额）

   贷：应付职工薪酬-医疗保险（原计划支付金额）。

2. 费用超支处理

   若医保支付金额低于实际发生额（如突发疾病等特殊原因），需调整相关账户：

   • 超支部分 ：

     借：其他应收款-医保费（超支金额）

     贷：应付职工薪酬-医疗保险（原计划支付金额）。

三、注意事项

1. 账务时效性

   医保报销通常有结算周期，若延迟收到款项，需通过"其他应收款"科目核算。

2. 特殊场景

   • 罚款或违规扣款 需从收入类或费用类账户调整，而非直接冲减医保费；

   • 跨月/跨年结算 需在实际收到款项时入账，避免影响财务报表准确性。

3. 与老板的沟通

   若存在跨期未结算的医保款，需与老板协商确认结算时间，避免影响利润表编制。

四、示例分录汇总

以上处理方式需结合药店实际情况及医保政策调整，建议定期与医保部门对账，确保账实相符。