关于合作医疗与医保重复缴费的退费问题，需根据参保类型和缴费时间等具体情况处理，具体分为以下几种情况：

一、城乡居民医保（新农合）与职工医保重复缴费

1. 选择保留其中一份

   城乡居民医保与新农合属于同类医疗保险，不可同时享受。建议根据保障需求保留报销比例更高的职工医保，退掉城乡居民医保。

2. 办理退费手续

   若决定保留职工医保，需携带身份证、社保卡等材料到当地社保中心或医保经办机构申请退费。部分地区支持线上申请（如阜阳市通过“阜阳医疗保障”微信公众号办理）。

二、城乡居民医保（新农合）自身重复缴费

1. 符合退费条件

   若在待遇享受期生效前已参加其他基本医保（如职工医保），可申请退费。

2. 办理流程

   • 携带身份证、银行卡、缴费凭证等材料至医保中心窗口提交申请；

   • 填写《城乡居民基本医疗保险退保申请表》；

   • 经审核通过后，费用将退还至原缴费账户。

三、其他注意事项

• 时间限制 ：部分地区的退费有时间限制，例如阜阳市规定2021年度退费需在当年2月28日前办理。

• 避免重复参保 ：建议缴费前咨询当地医保部门，避免因信息误差导致重复缴费。

• 升级选择 ：若需提高医疗保障水平，可咨询是否可通过“超级社保卡”实现医保与商业保险的衔接。

四、特殊情况处理

若通过上述渠道无法解决，可拨打12366纳税服务热线咨询在线客服，或携带材料到当地税务部门或医保部门核实处理。