医保卡显示有余额但在药店显示为零，可能的原因有以下几种：

1. 查询方式错误 ：医保卡有多个账户，一个是社保账户，另一个是金融账户。如果在银行查询的是金融账户的余额，而药店查询的是社保账户的余额，可能会出现显示不一致的情况。正确的查询方式应该是在定点医院、药店或医保经办机构查询，或者拨打12333社保热线查询。

2. 未充值或充值失败 ：医保卡需要定期充值，有些地区称为圈存。如果未进行充值或充值失败，药店查询时显示的余额就会为零。

3. 医保卡账户问题 ：如果医保卡账户出现问题，如未激活、信息未同步维护等，也可能导致药店查询时显示余额为零。

4. 用人单位未正常缴纳医保 ：如果用人单位没有正常缴纳医保费用，医保卡将无法正常使用，药店查询时也会显示余额为零。

5. 医保卡限定用途 ：某些医保卡可能仅限于住院使用，不能用于门诊买药，这种情况下，即使医保卡有余额，药店也会显示为零。

6. 医保经办机构未划账 ：如果刚取得医保卡，可能由于医保经办机构尚未正式划账，导致查询时显示余额为零。这种情况下，只需耐心等待一段时间再查询即可。

7. 参加的是居民医保 ：城乡居民医保（新农合与城镇居民医保）没有个人账户，只有统筹账户，因此查询时显示的余额为零。

8. 卡内余额确实为零 ：也有可能是医保卡内确实没有余额，但在查询时误认为有余额。这种情况下，需要确认医保卡的缴费情况。

建议先确认自己的医保缴纳情况，检查是否进行了正确的查询方式，以及医保卡是否需要充值。如果以上方法都无法解决问题，建议联系所在地的医保部门或社保中心进行咨询和投诉。