根据杭州的医保政策，住院费用是否扣除医保报销金额需根据具体情况判断，具体规则如下：

一、医保报销流程与账户使用规则

1. 住院押金与自费部分处理

   住院时需缴纳押金（通常为1000元），押金不直接从医保卡扣除，需自费支付。出院时根据实际费用结算，多退少补。

2. 医保报销比例与限额

   • 起付线 ：每年4000元起付，超过部分纳入医保报销范围。

   • 报销比例 ：在起付线内自费20%，超过部分按比例报销（例如60%）。

   • 年度限额 ：个人账户有年度报销限额（如5万元），用完后需等待下一年度重新结算。

3. 医保卡余额使用规则

   • 门诊与住院的区别 ：门诊费用直接从个人账户扣除，住院费用需先自付押金，出院时再结算医保报销部分。

   • 个人账户余额不足处理 ：若个人账户余额不足支付自费部分，需自筹资金；次月医保统筹资金到账后自动补足。

二、特殊情况说明

• 新参保人员 ：首次住院时个人账户无累计金额，需自付1000元押金，后续报销按比例进行。

• 退休人员 ：个人账户按比例划入（如在职职工300元/月，退休人员600元/月），同样适用上述报销规则。

三、总结流程示例

1. 入院时 ：缴纳1000元押金，住院期间费用由医保统筹基金和自费部分组成。

2. 出院结算 ：系统自动计算医保报销金额，个人承担部分从医保卡扣除，不足部分自费。

3. 后续处理 ：个人账户余额不足时，次月医保资金到账补足。

若医保卡余额充足，系统会优先使用统筹账户资金报销，个人自付部分再从医保卡扣除。建议办理住院前咨询当地医保机构，具体操作以最新政策为准。