低保户在大病住院时，其自费部分是可以申请报销的，但报销比例和流程有明确的规定。以下是具体说明：

一、报销比例与流程

1. 基本医疗保险报销

   低保户住院费用首先通过新农合或城镇医保报销，个人自付部分进入下一报销环节。

2. 大病保险二次报销

   经基本医疗保险报销后，个人自付部分超过大病保险起付线的，可享受大病保险二次报销，报销比例通常为60%-80%。

3. 医疗救助报销

   若两次报销后个人自付部分仍较重，可申请医疗救助，报销比例一般为70%-90%。该费用由医保基金、医疗救助资金等直接结算，低保户仅需支付剩余自付部分。

二、报销封顶线

• 大病保险 ：封顶线为3.5万元。

• 医疗救助 ：全年救助封顶线为4000元。

三、注意事项

1. 报销时效

   需在出院后一定期限内（通常为1年）申请医疗救助，逾期可能影响报销。

2. 材料要求

   需提交医疗费用发票、医保报销单、低保证明等材料，具体以当地政策为准。

3. 与其他救助的衔接

   若同时符合临时救助条件，可叠加申请，但需注意年度申报次数限制。

四、特殊情况说明

• 低保申请时间 ：大病出院后办理低保不影响住院费用报销，但需确保医疗费用符合低保审批标准。

• 自费部分范围 ：仅限医保目录内费用，超出部分需另行申请其他救助渠道。

低保户大病住院自费部分可通过医保、大病保险及医疗救助三级报销体系获得部分补偿，但无法实现全额报销。具体操作建议咨询当地医保或民政部门，以获取最新政策细则。