新生儿在三甲医院的医保报销比例因地区政策、医疗机构等级及医保类型不同而有所差异，具体可分为以下情况：

一、门诊报销比例

1. 普通门诊

   • 基层医疗机构（如社区卫生服务中心）：50%

   • 二级医疗机构：40%

   • 三级医疗机构：30%

   • 部分地区（如北京）：未明确提及，需结合具体情况。

2. 大病门诊

   • 覆盖特定病种（如血友病、再生障碍性贫血等）：无起付线，报销比例75%。

二、住院报销比例

1. 三级甲等医院

   • 一般住院：65%-85%（具体比例因地区而异）

   • 重症或特殊病种：可能达到80%。

三、其他注意事项

1. 地区差异 ：报销比例受当地医保政策影响较大，例如北京城乡居民医保在三级医院报销比例达78%，而其他地区可能低于此数值。

2. 年度限额 ：部分地区的门诊费用报销设有年度最高支付限额（如120元/年）。

3. 自费部分 ：超过起付线、封顶线或医保目录外的费用需自费。

四、建议

• 参保前咨询 ：不同城市政策差异较大，建议通过当地医保部门或医院确认具体比例。

• 医院选择 ：若需提高报销比例，可选择二级或一级医疗机构就诊。

以上信息综合了医保政策的一般情况，实际报销比例需以参保地最新政策为准。