低保户缴纳的合作医疗费用能否退回，需根据具体情况判断，主要分为以下情形：

一、可退回的情形

1. 重复参保且符合政策减免条件

   若低保户同时缴纳了新型农村合作医疗（新农合）和职工医保，且属于建档立卡贫困户、低保或特困人员等符合新农合减免政策的情况，可申请退费。

2. 待遇期享受前重复参保

   若在居民医保待遇享受期未开始前重复参保（如先缴新农合后参保职工医保），可终止居民医保后申请退费。

3. 灵活就业人员重复参保

   灵活就业人员中途就业并参加职工医保，导致新农合重复参保且已缴职工医保费用，可申请退回重复部分的费用。

二、不可退回的情形

1. 正常参保且未享受待遇

   若已正常缴纳医保且未发生医疗费用，或参保人死亡但未办理退保手续，个人缴费部分通常无法退回。

2. 个人缴费已纳入统筹

   个人缴纳的医保费用已并入医保统筹基金，无法单独退还。

三、申请退费的流程

1. 准备材料

   需提供低保户证明、身份证、医疗费用发票、重复参保证明等材料。

2. 提交申请

   向户籍所在地乡镇人民政府或社保局提交书面申请，填写相关表格。

3. 审核处理

   社保部门审核材料后，若符合条件将办理退费手续。

四、注意事项

• 避免重复缴费 ：参保前应咨询当地医保部门，避免因政策差异导致重复缴费。

• 异地就医报销 ：若涉及异地就医，需提供转诊证明、住院病历等材料。

建议低保户及时联系当地社保部门，提供完整证明材料以申请退费。