低保户缴纳的合作医疗费用能否退回，需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：

一、可退回的情形

1. 政策补贴部分可申请退还

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十五条规定，享受最低生活保障的人所需个人缴费部分，由政府给予补贴。若低保户缴纳的费用属于个人应缴部分，可向当地社保部门申请退还。

2. 重复参保或特殊退保条件

   • 重复参保 ：若低保户已参加职工医保或居民医保，且缴费期间处于待遇享受期未开始前，可终止居民医保并申请退费。

   • 灵活就业人员重复参保 ：若低保户以灵活就业身份参保职工医保后，又参加新农合且未及时终止职工医保，可申请退回重复参保期间的个人缴费部分。

二、不可退回的情形

1. 正常缴费且无重复参保

   若低保户正常缴纳合作医疗且未与其他医保类型重复参保，则个人缴费部分通常无法退还。

2. 特定人群免缴政策

   • 年满70周岁以上农村老人、未参保的五保户等特定群体，部分地区可能免缴新农合费用，已缴费用可能由政府补贴或退还。

三、申请退费的流程与材料

1. 准备材料

   • 低保户证明、身份证、缴费凭证等基础材料。

   • 若涉及重复参保，需提供职工医保缴费记录、转诊证明等。

2. 提交申请

   向当地社保局或新农合管理部门提交书面申请，说明缴费情况、补贴申请及证明材料。

3. 审核与退款

   相关部门审核通过后，将按程序退还个人应缴部分。若涉及跨地区参保，需配合提供异地就医凭证等。

四、注意事项

• 政策差异 ：不同地区对低保户医保缴费补贴政策存在差异，建议提前咨询当地社保部门。

• 避免重复缴费 ：参保前应了解当地医保政策，避免因信息不对称导致重复缴费。

若符合可退条件但未获批准，建议通过12345热线或当地社保部门申诉渠道进一步咨询。