阿勒泰和塔城归伊犁哈萨克自治州管辖的原因主要与新疆维吾尔自治区的行政区划调整有关，具体分析如下：
一、历史沿革与行政区划调整
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早期管辖划分
在清朝乾隆年间，新疆地区实行将军府制度，伊犁将军统领伊犁、塔城地区，而阿勒泰地区由乌里雅苏台将军管辖。1765年因行政区划调整，伊犁将军府迁至承化寺（今阿勒泰），但未改变两地分属伊犁将军的体制。
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1955年行政区划调整
1955年新疆维吾尔自治区成立后，原伊犁专区（包括伊犁、塔城）划归伊犁哈萨克自治州直辖。1975年伊犁地区复设，1979年再次撤销，1984年伊犁哈萨克自治州正式成立，塔城地区成为其下辖的副省级行政区。
二、现行行政区划结构
目前，伊犁哈萨克自治州管辖塔城地区和阿勒泰地区，但实际管理权限有所划分：
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伊犁州直辖区域 ：包括伊宁市、奎屯市、霍尔果斯市、伊宁县、巩留县、特克斯县、昭苏县、察布查尔锡伯自治县、霍城县、尼勒克县、新源县，共8县3市。
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塔城地区 ：辖塔城市、乌苏市、额敏县、沙湾县、托里县、裕民县、和布克赛尔蒙古自治县，总面积10.5万平方公里。
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阿勒泰地区 ：辖阿勒泰市、布尔津县、哈巴河县、富蕴县、清河县、吉木乃县、福海县，总面积11.8万平方公里。
三、副省级行政级别的争议
伊犁哈萨克自治州官方未明确宣布自身为副省级行政区，目前中国官方仅明确10个副省级省会城市和5个计划单列市。部分分析认为，伊犁州因管辖范围广（总面积26.91万平方公里，含塔城、阿勒泰两大地区）且为新疆唯一少数民族自治州，可能被非官方渠道称为“副省级”，但这一说法缺乏官方文件支持。
四、总结
阿勒泰和塔城归伊犁哈萨克自治州管辖是历史行政区划调整的结果，现行法律地位为自治区下辖的副省级行政区（无官方文件明确标注）。这一划分体现了新疆维吾尔自治区对边疆地区的管理策略，既保障了民族自治权，又维护了国家统一。
