农村合作医疗（新农合）在市医院能否报销，需根据就医地点、医院等级及报销流程综合判断，具体说明如下：

一、跨市住院报销的可行性

1. 支持异地结算

   若市医院为参保地定点医疗机构且支持异地结算，患者出院时可直接在医院办理报销手续，实现“多退少补”。

2. 非异地结算的处理方式

   若市医院不支持异地结算，患者需携带身份证、医疗费用明细、出院小结等材料返回参保地办理报销。

二、报销比例差异

报销比例根据就诊医院等级不同而有所差异，具体如下：

• 乡镇卫生院 ：门诊60%，住院60%

• 县级定点医院 ：门诊40%，住院82%

• 市级定点医院 ：门诊30%，住院65%

• 省级定点医院 ：门诊20%，住院55%

• 省外非定点医院 ：起付线1000元，报销45%

三、报销流程要点

1. 备案要求

   部分城市要求出院后3日内办理异地就医备案，具体流程可通过当地社保平台或窗口办理。

2. 所需材料

   包括身份证、医疗证、户口本、医疗费用明细、住院收费单、病例复印件等。

3. 直接结算与二次报销

   若当地支持直接结算，费用由医保基金与医院直接扣除；若需二次报销（如大病医疗），需符合当地大病报销政策。

四、特殊情况说明

• 转院报销 ：若因病情转院，需在转出医院开具转院证明，转院后按转入地政策报销。

• 自费项目不报销 ：美容、整容等非疾病相关费用不在报销范围内。

五、建议

1. 优先选择支持异地结算的医院，简化报销流程；

2. 出院前确认当地医保政策，避免遗漏材料或跑空；

3. 特殊病种需提前申请，按专项流程办理。

若需进一步确认具体操作，建议咨询当地社保部门或定点医院医保办。