合作医疗与单位缴纳的社保（通常指职工基本医疗保险）存在以下冲突：

一、参保资格冲突

1. 职工医保的强制参保性

   职工医保是强制性的社会保险，由用人单位和职工共同缴纳，适用于所有有正式工作的职工。

2. 新农合的自愿性

   农村合作医疗（新农合）是自愿参保的医疗保障制度，主要覆盖农村居民，与职工医保的参保对象不同。

二、待遇享受冲突

1. 医疗费用报销互斥性

   两者均属于医疗保险范畴，但根据《中华人民共和国社会保险法》第二十三条规定， 职工医保与新型农村合作医疗不可同时享受 。若已参加职工医保，则需停掉新农合，反之亦然。

2. 报销流程限制

   若同时参保，医院在报销时只能选择其中一种保险进行费用报销，无法重复报销。

三、缴费与待遇标准差异

1. 缴费主体与标准

   职工医保由单位和个人按比例缴纳，缴费基数与职工工资相关；新农合则由个人、集体和政府多方筹资，缴费标准因地区而异。

2. 待遇水平差异

   职工医保的报销比例和待遇范围通常高于新农合，且覆盖城市职工更多保障项目。

四、特殊情况处理

• 灵活就业人员 ：若已参加职工医保，则无法再参加新农合；若未参保职工医保，可自愿选择其中一种。

• 重复参保风险 ：部分地区对重复参保有严格处罚，建议通过当地医保部门核实参保状态。

建议

• 优先选择职工医保 ：对于有稳定工作的职工，职工医保的保障更全面且报销更优。

• 特殊情况处理 ：若因政策变动或户籍迁移需调整参保，应及时办理变更登记。

合作医疗与单位社保在参保资格和待遇享受上存在直接冲突，建议根据自身实际情况选择合适的医疗保障方式。