单位医保断缴后是否可以重新加入合作医疗，需根据具体情况判断，具体规则如下：

一、职工医保断缴后的处理方式

1. 断缴期间医疗保障

   职工医保断缴后，医保待遇会暂停，但参保人仍可持医保卡在定点医疗机构门诊使用医保账户内的个人账户余额。

2. 补缴与待遇恢复

   • 3个月内补缴 ：断缴后3个月内续缴职工医保，次月开始享受统筹基金报销待遇，且不计入中断缴费年限。

   • 超过3个月补缴 ：需连续缴费满6个月，从第7个月恢复享受医保待遇。

   • 补缴限制 ：断缴超过3个月需重新参保，且中断期间无法享受统筹报销，但个人账户余额可继续使用。

二、合作医疗的独立性

1. 与职工医保的关联性

   职工医保与新型农村合作医疗（新农合）是两种独立的医保体系，职工医保断缴后不影响新农合的参保资格。

2. 重新加入新农合

   • 无需强制转移 ：职工医保断缴后，可随时重新申请加入新农合，无需办理转移手续。

   • 待遇差异 ：新农合报销比例通常低于职工医保，且无门诊和购药补助。

三、注意事项

• 缴费年限计算 ：职工医保断缴期间不计入缴费年限，但补缴后可恢复累计年限。

• 地区政策差异 ：具体补缴流程和待遇可能因地区政策不同存在差异，建议咨询当地社保机构。

单位医保断缴后可以重新加入合作医疗，但需根据断缴时长选择补缴职工医保或直接参保新农合，并了解待遇差异及缴费年限影响。