当入库数量与发票数量不一致时，需根据具体情况进行处理，主要分为以下几种情况：

一、数量差异原因分析

1. 合理损耗

   若差异由运输、仓储等合理损耗导致，且符合增值税抵扣条件，则按发票金额入账，损耗数量不调整总金额，仅影响单价。

2. 非正常损失

   若因质量问题、被盗、变质等非正常原因导致数量减少，需根据《增值税暂行条例》规定，做进项税额转出处理，且不得抵扣。

3. 人为或系统错误

   包括记录错误、数据传输故障等，需核对原始凭证（如采购单、验收单）与发票，及时更正。

二、处理措施

1. 核对原始凭证

   • 检查发票、入库单、出库单等是否齐全，确认数量差异原因。

   • 若发票与入库单数量一致，需核查入库单填制是否错误。

2. 调整账目

   • 合理损耗 ：按发票金额入账，无需重新开具发票。

   • 非正常损失 ：需填写《进项税额转出单》，做进项税额转出处理，并可能涉及赔偿或损失计入营业外支出。

   • 数量差异 ：以实际入库数量为准，调整入库单和库存账目。

3. 税务处理

   • 合理损耗不影响增值税抵扣，但需在增值税申报时准确核算。

   • 非正常损失需申报进项税额转出，可能影响当期应纳税额。

4. 内部管理改进

   • 加强入库验收流程，使用ERP等系统规范操作，减少人为失误。

三、注意事项

• 发票问题 ：若发票内容与实际业务不符，需联系销售方重新开具。

• 赔偿处理 ：因运输损失等可要求对方赔偿，超出合理损耗部分计入营业外支出。

• 记录规范 ：所有调整需有完整凭证支持，避免税务风险。

通过以上步骤，可有效处理入库数量与发票数量的不一致问题，并确保财务数据准确性。