当发票数量与合同数量不一致时，需根据具体情况采取合规措施，具体处理方式如下：

一、发票数量多于合同数量

1. 合同未约定分阶段开发票

   若合同未明确分阶段开发票的条款，则需与客户协商调整合同条款，补开发票或调整后续发票数量，确保总金额一致。

2. 合同已约定分阶段开发票

   可按合同约定在后续期间补开发票，无需调整原合同条款。

二、发票数量少于合同数量

1. 实际履行与合同一致但发票未开全

   需与客户协商补充协议，明确未开发票部分的数量及金额，并补开发票。

2. 实际履行与合同均不一致

   若实际交付数量和金额均低于合同，需重新签订合同；若高于合同，可签订补充协议调整。

三、其他注意事项

1. 发票与合同其他条款的关联性

   若数量不一致不影响合同其他条款（如单价、总价等），可优先通过补充协议解决数量问题。

2. 税务合规要求

   • 开票单位、发票专用章、合同章需保持一致，避免虚开发票风险；

   • 发票金额需与合同金额（不含税）一致，税额需正确计算。

3. 内部管理规范

   建议通过税控系统校验数量差异，出纳需对异常情况及时查证，确保报销依据准确。

四、风险提示

若处理不当，可能面临税务机关处罚或商业纠纷。建议优先通过协商或补充协议解决争议，并保留相关沟通记录作为凭证。