当工程结算金额超出合同金额时，处理方式需根据具体情况和合同约定综合判断，主要分为以下几种情况：

一、合同中有明确约定的处理方式

1. 按约定结算

   若合同对超出部分的计价标准或方法已有明确约定，直接按照约定执行。

2. 设计变更处理

   因设计变更导致工程量或质量标准变化且协商不一致时，可参照合同签订时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准结算。

二、合同无约定或协商不成的处理方式

1. 参照计价标准

   优先使用合同签订时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准进行结算。

2. 工程变更签证

   • 设计变更 ：需按基本建设程序报批后，承包人提交变更设计文件，双方协商调整合同价款；若14天内未提出报告，发包人可自主决定是否调整。

   • 材料价格波动 ：若主材价格涨幅超过合同约定浮动范围，可依据合同条款调整单价。

三、特殊情形处理

1. 合同实质性变更

   若另行签订的合同与备案的中标合同实质性内容不一致，以备案合同作为结算依据。

2. 政府投资项目超预算

   需严格遵循政府采购程序，通过设计变更、签证等合规方式处理超支部分。

四、争议解决途径

1. 协商与调解

   首选通过双方协商或第三方调解机构解决争议。

2. 诉讼与仲裁

   协商失败时可向人民法院提起诉讼，依据《建设工程施工合同司法解释》等法律文书主张权利。

注意事项

• 证据保留 ：施工过程中需留存设计变更文件、签证单、材料价格凭证等，为后续结算和诉讼提供依据。

• 时效性 ：主张权利需在法定时效内进行，例如竣工结算文件提交后2年提起诉讼。

通过以上方式，可规范处理工程结算超合同金额的问题，降低纠纷风险。