按实际支付金额入账
当付款金额与发票金额不一致时，需根据具体业务类型进行正确处理，主要分为以下情况：
一、发票金额大于实际支付金额
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调整入账金额
以实际支付金额作为入账依据，调整相关会计科目。例如：
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借：应付账款（按发票金额）
财务费用（差额部分，需用红字冲回）
贷：银行存款（实际支付金额）
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若涉及现金折扣，以实际付款凭证和合同约定作为原始凭证，无需重新开具发票。
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增值税处理
需对发票金额超出部分对应的增值税进行转出处理，避免虚增增值税额。
二、发票金额小于实际支付金额
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补开发票或调整付款
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补开发票 ：需向供应商补开发票，补开发票金额应为实际支付金额，同时调整增值税额。
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调整付款 ：若无法及时补开发票，可协商调整后续付款金额，但需与供应商协商一致并取得书面协议。
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禁止性操作
不得通过转借、伪造发票或篡改付款凭证等方式处理差异，否则可能涉及税务风险。
三、其他注意事项
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微小误差处理 ：若差异属于合理范围内的小数点后四舍五入误差，可直接按实际支付金额入账。
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合同条款依据 ：现金折扣需以合同条款和实际付款凭证为依据，避免因条款模糊引发纠纷。
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税务合规 ：处理差异时需确保符合《发票管理办法》等税法规定，避免因违规操作导致处罚。
四、示例说明
场景 ：甲公司向乙公司购买设备，合同金额100万（不含税），增值税13万，总金额113万。实际付款110万（含11.3万增值税）。 处理 ：
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乙公司需补开发票金额10万及对应1.3万增值税；
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甲公司按实际支付金额110万入账，差额3万通过财务费用科目调整。
通过以上方法，可规范处理发票与付款差异，确保账务真实性和合规性。
