当个人自行缴纳社保后，单位又重复缴纳时，处理方式需根据缴费主体和缴费时间进行区分，具体如下：

一、单位重复缴纳的情况

1. 停止单位缴费

   若单位在个人已自行缴费后继续申报缴费，需先停止单位的缴费行为，避免重复缴费。

2. 转移保险关系

   个人需将社保关系从原单位转移至新单位，确保单位能够正常申报缴费。转移时需提供录用证明、工资单等材料。

3. 处理重复缴费

   • 若单位缴费已进入税务部门，可向地税局申请退回重复缴费部分（需离职证明、缴费票据等材料）；

   • 若单位未缴费，个人可向社保经办机构申请退费。

二、个人重复缴纳的情况

1. 保留个人缴费记录

   若个人自行缴纳社保后单位又补缴，个人无需重复缴费，只需保留个人缴纳的部分。

2. 处理重复缴费

   • 可向社保经办机构申请退回重复时段的个人缴费部分；

   • 若涉及灵活就业险，需确认是否为重复缴纳，可通过平台客服申请退回多余金额。

三、注意事项

• 缴费年限累计计算 ：个人和单位缴费年限均按实际缴纳月份累计计算，不会因重复缴费而中断；

• 地区政策差异 ：具体操作流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地社保机构。

通过以上步骤，可有效处理个人与单位重复缴纳社保的问题，确保社保权益不受影响。