根据相关法律法规，连续两年抽检不合格的处罚措施如下：

一、行政处罚措施

1. 责令停产停业

   直接停止生产、销售不合格产品，并查封、扣押相关物品。

2. 没收违法所得与罚款

   • 没收违法生产、销售的产品（包括已售出和未售出的）及违法所得；

   • 处以违法产品货值金额 1.5倍以上3倍以下 的罚款。

3. 吊销营业执照

   若情节严重（如连续两年不合格、存在安全隐患等），吊销营业执照。

4. 刑事责任

   若涉及犯罪行为（如生产、销售伪劣产品罪），依法追究刑事责任。

二、其他配套措施

• 处罚到人 ：对直接责任人依法追究责任，落实“处罚到人”制度。

• 公开曝光 ：通过媒体公告或新闻报道曝光企业违法行为，增强社会监督。

三、法律依据

• 《中华人民共和国产品质量法》

  第四十四条规定，连续两年经市场监督管理部门三次抽检不合格，或连续两年同一项目抽检不合格的，吊销营业执照。

• 《中华人民共和国药品管理法》

  对药品、医疗器械等特殊产品，若连续两年抽检不合格，除上述处罚外，还可能面临更严格的监管措施。

四、案例参考

例如，某企业因连续两年抽检不合格，被药监局处以罚款58万元、没收违法所得2.5万元，并吊销营业执照。

以上措施旨在通过多重惩罚机制，有效遏制企业违法生产、销售行为，保障公共安全和消费者权益。