武汉大学和华中科技大学（华科）未能进入C9联盟的主要原因可归纳为以下几点：

一、合并未达成的历史因素

1. 合并计划失败

   1990年代湖北省曾计划推动武大与华工合并，以获得C9联盟名额。但因两校在学科建设、资源分配等利益诉求上存在根本分歧，合并谈判多次失败，最终未能实现。

2. 名额分配机制限制

   C9联盟最初仅限9所高校入选，且湖北省当年仅保留1个名额。在两校均具备较强实力且竞争激烈的情况下，名额分配成为阻碍因素。

二、学科发展与评价标准差异

1. 文科与理工科侧重不同

   武大以文科见长（如历史、汉语言等专业），而华科以理工科实力著称。C9联盟的评选可能更注重综合学科实力，但两校长期形成学科特色分化的格局，难以在单一维度满足联盟要求。

2. 历史排名与评价体系差异

   武大和华科在早期高校排名中曾旗鼓相当，但C9评选可能更倾向于选择具有明显优势或突破口的院校。华科在工科领域的快速发展使其在某些指标上与武大形成竞争，而非互补。

三、战略选择与学校定位

1. 独立发展策略

   武大和华科均拒绝合并，坚持独立发展路径。华科认为不合并也能保持竞争力，而武大则更注重学术自由和学科多样性。

2. 避免同质化竞争

   两校均不愿在实力接近的联盟中相互攀比或依附。华科担心与武大混入C9后可能面临资源竞争，而武大则不愿与华科形成直接竞争关系。

总结

武大和华科未能进入C9联盟的核心原因是合并计划失败与名额限制，但更深层次是两校在学科定位、评价体系及战略选择上的差异。尽管如此，两校均保持独立发展，近年来在科研和学科建设上均取得显著进展。