南京在职职工医保住院报销比例根据医院级别和费用分段有所不同，具体如下：

一、普通住院报销比例

1. 起付标准

   • 三级医院：1000元

   • 二级医院：500元

   • 一级医院：300元

2. 报销比例

   • 费用区间：

     • 0-1000元：个人自付

     • 1000-5000元：在职职工60%，退休职工65%-85%

     • 5000-1.5万元：在职职工65%，退休职工70%-85%

     • 1.5万元-30万元：在职职工85%，退休职工90%

     • 30万元以上：退休职工95%

3. 年度封顶线

   • 职工医保统筹基金最高支付60万元，超60万元部分由大病医疗救助基金支付95%。

二、门诊特殊病及大病报销

1. 门诊特殊病

   • 起付标准1000元，2万-4万元部分报销50%，10万元以上部分报销70%。

2. 大病医疗救助

   • 个人自付超过2万元部分（困难人员1万元），按比例支付（95%）。

三、其他注意事项

• 起付线调整 ：第二次及以上住院起付标准降低50%，第三次及以上免起付。

• 封顶线共享 ：门诊特殊病与普通住院共享年累计最高支付限额29万元。

• 药品报销 ：门诊慢性病患者同时患多种疾病可增加2000元补贴限额。

以上政策为2025年最新解读，具体执行以南京市医疗保障部门官方文件为准。