对于治疗尿中有蛋白（蛋白尿）的医院选择，通常建议前往专业的肾内科或泌尿科进行诊断和治疗。在江苏省南京市，有几家医院在肾内科和泌尿科方面有较强的实力，可以考虑就诊。以下是几家推荐的医院：

1. 南京军区南京总医院（东部战区总医院）：

   • 该医院的肾内科在江苏省内享有较高的声誉，拥有一支专业的医疗团队和先进的医疗设备。
   • 地址：江苏省南京市玄武区中山东路305号
   • 联系电话：025-80860114

2. 南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）：

   • 该医院的泌尿科和肾内科都具有较强的实力，尤其在肾脏疾病的诊断和治疗方面有丰富的经验。
   • 地址：江苏省南京市鼓楼区广州路300号
   • 联系电话：025-83718836

3. 南京中医药大学附属医院（江苏省中医院）：

   • 该医院的肾内科在中医治疗方面有独特的优势，采用中西医结合的方法治疗各种肾脏疾病。
   • 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路155号
   • 联系电话：025-86617141

4. 东南大学附属中大医院：

   • 该医院的肾内科在肾脏疾病的诊断和治疗方面有较强的实力，尤其在慢性肾脏病和肾衰竭的治疗方面有丰富的经验。
   • 地址：江苏省南京市鼓楼区丁家桥87号
   • 联系电话：025-83272000

以上医院都是江苏省南京市治疗尿中有蛋白（蛋白尿）的较好选择，具体选择哪家医院，可以根据个人的实际情况和就医偏好来决定。在就诊前，建议提前预约挂号，以节省等待时间。