在南京，治疗消化不良的医院有很多，以下是一些在治疗消化不良方面表现突出的医院：

1. 南京医科大学第一附属医院（江苏省人民医院）

• 医院等级：三甲
• 医院类型：综合医院
• 专科声誉：复旦综合榜全国第22名，消化内科为国家重点临床专科。
• 擅长领域：胃炎、胃溃疡、胃肠炎、腹痛、消化不良等疾病的中医诊治。
• 地址：江苏省南京市广州路300号。

2. 南京鼓楼医院

• 医院等级：三甲
• 医院类型：综合医院
• 专科声誉：复旦综合榜全国第35名，消化内科为国家重点临床专科。
• 擅长领域：消化疾病诊治、消化道早期肿瘤筛查、超声内镜（EUS）及相关技术等。
• 地址：南京市中山路321号。

3. 东南大学附属中大医院

• 医院等级：三甲
• 医院类型：综合医院
• 专科声誉：复旦综合榜全国第46名，消化内科为江苏省规模较大的省级临床重点专科。
• 擅长领域：消化内科疑难疾病诊疗和各种消化内镜手术。
• 地址：南京市丁家桥87号。

4. 江苏省中西医结合医院

• 医院等级：三甲
• 医院类型：中西医结合医院
• 专科声誉：消化科为省重点科室。
• 擅长领域：胃炎、胃溃疡、肝硬化、便秘、腹痛、慢性腹泻等疾病的诊治。
• 地址：江苏省南京市栖霞区迈皋桥十字街100号。

5. 江苏省中医院

• 医院等级：三甲
• 医院类型：中医医院
• 专科声誉：消化（脾胃）病科为国家重点科室。
• 擅长领域：消化不良、慢性腹泻、炎症性肠病、胆汁反流性胃炎及萎缩性胃炎等癌前病变中西医结合治疗。
• 地址：江苏省南京市秦淮区汉中路155号。

这些医院在治疗消化不良方面都有丰富的经验和专业的医疗团队，您可以根据自己的需求和地理位置选择合适的医院就诊。如果需要更详细的信息，建议直接联系医院进行咨询。