小儿神经母细胞瘤的病因尚未完全明确，目前认为与以下因素有关：
- 遗传因素：约 5%-10% 的神经母细胞瘤患者存在与肿瘤相关的遗传基因突变或染色体异常。这些遗传突变可能来自父母的遗传，也可能是在胚胎发育过程中自发产生的。如间变性淋巴瘤激酶（ALK）基因突变在一些家族性病例中频繁出现，使得神经嵴细胞在分化发育过程中更易发生异常，进而引发肿瘤。某些遗传综合征，如神经纤维瘤病 1 型和 2 型，也与神经母细胞瘤的发生风险增加有关。
- 基因突变：神经母细胞瘤的发生与多个基因的突变有关，常见的突变基因包括 MYCN、ALK、NRAS、BRAF 等。例如 MYCN 基因扩增，会导致细胞过度增殖、分化受阻，从而形成肿瘤细胞。这些基因突变可以影响细胞的生长、分化和凋亡等过程，导致细胞失控生长并形成肿瘤。
- 神经嵴细胞发育异常：神经母细胞瘤起源于神经嵴细胞，这些细胞在胚胎发育过程中迁移并分化为多种组织和器官。如果神经嵴细胞在分化过程中走向异常，没有正确成熟或过度增生，可能形成肿瘤。
- 环境因素：目前尚无明确的环境因素被证实与小儿神经母细胞瘤的发生直接相关。不过，一些环境污染物，如多环芳烃、苯、农药等，可能对儿童的健康产生潜在影响，包括增加患癌症的风险。还有研究表明，母亲在怀孕期间接触化学物质、药物、感染等环境因素，可能增加胎儿患神经母细胞瘤的风险。
- 免疫系统异常：正常情况下，人体免疫系统能够识别并清除异常细胞。当免疫系统功能出现异常时，可能无法有效识别和消灭发生突变的神经母细胞，使得这些细胞得以不受控制地生长和分裂，最终形成肿瘤。免疫缺陷或免疫功能低下的儿童，患神经母细胞瘤的风险可能相对增加。
