小儿肌阵挛性癫痫可能会有后遗症，具体如下：

1. 智力发育迟缓：长期的癫痫发作会对患儿的大脑神经元造成损伤，影响其正常的神经发育和认知功能。尤其是频繁发作的患儿，大脑长期处于异常放电状态，可能导致智力发育停滞甚至倒退，在学习能力、记忆力、理解能力等方面明显落后于同龄人。

2. 运动功能障碍：癫痫发作时肌肉的异常收缩和痉挛可能会损伤肌肉、骨骼和关节等运动组织。如果病情严重或发作频繁，可能会导致患儿出现肢体活动不灵活、协调性差、步态不稳等问题，影响其正常的运动能力发展，如行走困难、跑步姿势异常等，严重的可能会出现偏瘫等症状。

3. 心理行为问题：患儿可能因为疾病的困扰和与同龄人的不同而产生自卑、焦虑、抑郁等心理问题。他们可能会感到孤独、无助，对自己的未来感到担忧，这些负面情绪会影响其心理健康和社会适应能力，导致性格孤僻、不愿与人交流等。

4. 药物副作用：治疗肌阵挛性癫痫需要长期服用抗癫痫药物，而某些药物可能会带来一些副作用，如嗜睡、头晕、皮疹、胃肠道不适等。这些副作用可能会影响患儿的生活质量，还可能会对其身体发育产生一定的影响，例如影响钙的吸收，导致骨骼发育异常等。

5. 生活质量下降：由于疾病的影响和治疗的需要，患儿的生活可能会受到诸多限制。例如，需要避免一些可能诱发癫痫发作的因素，如过度劳累、情绪激动、闪光刺激等，这可能会影响患儿的正常生活和娱乐活动。家长也需要花费大量的时间和精力来照顾患儿，对整个家庭的生活都会产生一定的影响。

小儿肌阵挛性癫痫可能会留下后遗症，但通过规范的治疗、科学的护理以及积极的心理干预等措施，可以在一定程度上减少后遗症的发生和发展，提高患儿的生活质量。