广东医科大学有6所直属附属医院，分别是：
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广东医科大学附属医院 ：位于广东省湛江市，是广东省首批9家“登峰计划”重点建设医院和5家省级区域医疗中心之一。
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广东医科大学附属第二医院 ：始建于1922年，是湛江市历史最悠久的综合性医院，现已发展成为集医疗、教学、科研、康复、预防保健、基本公共卫生服务等功能为一体的大型三级甲等综合医院。
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广东医科大学附属东莞第一医院 ：具体信息未详细列出，但也是广东医科大学的附属医院之一。
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广东医科大学顺德妇女儿童医院 ：具体信息未详细列出，但也是广东医科大学的附属医院之一。
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广东医科大学附属医院雷州医院（雷州市人民医院） ：是一家集医疗、急救、教学、科研、预防、保健、康复为一体的公立综合性二级甲等医院，2023年10月正式交由广东医科大学附属医院全面托管。
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广东医科大学附属医院城月医院（遂溪县第二人民医院） ：是一所集医疗、教学、康复、预防、保健、公共卫生服务于一体的二级综合性医院，2020年8月遂溪县人民政府与广东医科大学附属医院签订托管合作协议，医院交由广东医科大学附属医院全面托管，并增名为广东医科大学附属医院城月医院。
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