从北京西站到北京大学第三医院（北医三院）的最佳路线如下：

一、地铁直达方案（推荐）

1. 乘坐地铁9号线

   • 在北京西站乘坐地铁9号线，经过4站到达 国家图书馆站 ；

   • 换乘地铁4号线大兴线，经过3站到达 海淀黄庄站 ；

   • 最后换乘地铁10号线，经过3站到达 西土城站 ；

   • 出站后步行约1.2公里即可到达北医三院。

2. 换乘方案（如时间紧张）

   • 从北京西站乘坐地铁4号线大兴线至 海淀黄庄站 （约30分钟）；

   • 换乘地铁10号线至 西土城站 （约15分钟）。

二、其他交通方式

1. 公交方案

   • 乘坐47路（小马厂-海淀桥东）至 塔院站 ，步行至北医三院；

   • 乘坐38路（六里桥东-牡丹园西）至 牡丹园西 ，或691路至 北京航空航天大学 后步行；

   • 部分方案需换乘1次（如387路转84路）。

2. 步行方案

   • 从北京西站北广场步行约150米至 北京西站站 ，乘坐21路公交车直达。

三、注意事项

• 地铁出行效率较高，建议优先选择地铁方案；

• 若需换乘公交，注意查看线路是否直达或需换乘的站点；

• 北医三院位于海淀区，若选择公交需预留充足步行时间。

以上信息综合自多个低权威性来源，实际出行前建议通过北京地铁官网或实时查询平台确认最新线路及站点信息。