小儿高免疫球蛋白 E 综合征晚期可累及多个系统，出现多种严重症状，具体如下：
- 皮肤方面：湿疹样皮炎持续存在且可能更为严重，瘙痒剧烈，影响患儿生活质量。由于长期搔抓，皮肤可能出现破溃、感染，形成疖、痈和复发性寒性脓肿等，愈合后可能留下瘢痕。
- 呼吸系统方面：反复发生严重的肺部感染，如肺炎、支气管炎等，可伴有肺大疱、脓胸、支气管扩张等并发症。随着病情进展，肺部组织遭到破坏，容易继发真菌感染，如曲霉菌感染，导致慢性呼吸道感染，出现咳嗽、咳痰、咯血等症状，严重时可影响呼吸功能，甚至导致呼吸衰竭。
- 面部及骨骼方面：典型面容会更明显，如前额突出、眼眶深陷、凸腭、鼻根宽和鼻尖肥大，面部皮肤粗糙，毛孔增大等。还可能出现颅骨缝早闭、乳牙不脱落，恒牙萌出异常，导致牙列拥挤。骨骼问题也较为突出，常有骨质疏松、脊柱侧凸，轻微损伤就可能引起骨折，关节过度伸展，成年后还可能出现关节炎和退行性脊柱病变。
- 其他方面：可能出现恶性肿瘤，以淋巴瘤为主，增加治疗难度和患儿死亡风险。部分患儿还可能有偏瘫、癫痫发作、缺血性梗死等神经系统并发症，以及脓毒血症、血管瘤等。生长发育迟缓也是常见表现之一，患儿身高、体重增长可能明显落后于同龄人。
