近端肾小管性酸中毒危害有轻有重，及时治疗一般危害可控，但若延误治疗或病情严重，也会对身体造成较大危害，具体如下：
- 生长发育迟缓：常见于儿童患者。长期的代谢性酸中毒会阻碍生长激素的分泌或应答，导致生长发育落后，出现身材矮小、体重不增等情况。
- 骨骼病变：在儿童中可出现佝偻病、骨质疏松，维生素 D 代谢异常等，成年患者则多表现为骨软化症，患者会有骨痛、骨骼畸形、活动障碍等症状，严重影响生活质量，还可能导致病理性骨折、骨盆畸形等。
- 电解质紊乱
- 低钾血症：由于近端肾小管的离子交换异常，可出现程度较轻的低钾血症，导致患者出现四肢肌无力、肠麻痹（表现为腹胀、便秘等）、软瘫、心悸、胸闷等症状，严重时可影响心脏功能，出现心律失常等危及生命的情况。
- 低钠血症：患者可因钠从尿中大量丢失而出现低钠血症，表现为软弱、疲乏、恶心、呕吐等。
- 泌尿系统问题：可导致肾脏浓缩 - 稀释失调，引起肾功能不全，患者出现水肿、血压升高、少尿、蛋白尿等症状。还可能出现尿路结石，虽然其发生率低于远端肾小管性酸中毒，但也会对泌尿系统造成损害，引发疼痛、血尿等症状，影响泌尿系统的正常功能，严重时可导致肾功能衰竭。
- 其他：病情严重时，患者可出现心律不齐、昏迷等情况，会严重威胁患者的生命安全。若为继发性近端肾小管性酸中毒，还可能有原发病的表现，如多发性骨髓瘤导致的，会有骨痛、贫血、肾功能损害等多种症状，进一步增加患者的痛苦和治疗难度。
不过，多数原发性近端肾小管性酸中毒患者，尤其是儿童，随着年龄增长有自然痊愈的可能。而继发性近端肾小管性酸中毒患者，在积极治疗原发病并纠正酸中毒、电解质紊乱等情况后，症状也可得到缓解，危害能够得到一定程度的控制。
