以下是新疆巴音郭楞治疗反复口腔溃疡的一些推荐医院：

1. 1.新疆医科大学第一附属医院：这是一家三甲医院，位于乌鲁木齐市鲤鱼山南路137号。该医院在西北区口腔医院排行榜中排名第4位，医疗水平较高
2. 2.巴音郭楞蒙古自治州人民医院：这是一家三甲医院，位于巴州库尔勒市人民东路56号。该医院是自治州境内规模最大、医疗技术水平较高的综合医院
3. 3.新疆库尔勒市第二人民医院：这是一家二甲医院，位于库尔勒市新城南路28号。虽然等级稍低，但在当地也有一定的医疗实力
4. 4.焉耆县人民医院：这是一家二甲医院，位于焉耆县新华路20号。该医院也是综合性的二级甲等医院，提供多种医疗服务
5. 5.轮台县人民医院：这是一家二甲医院，位于轮台县城文化路。虽然主要服务当地居民，但在口腔溃疡治疗方面也有一定的经验
6. 6.且末县人民医院：这是一家综合医院，位于且末县城丝绸路中路3号。作为当地主要的医疗机构，也在口腔溃疡治疗方面提供服务
7. 7.焉耆回族自治县人民医院：这是一家二甲医院，位于焉耆县新华路20号，提供多种医疗服务，包括口腔溃疡的治疗

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请注意，以上信息基于现有数据，具体情况可能会有所变化。建议在就诊前通过医院官网或电话进行确认。