小儿糖原贮积病 Ⅲ 型的诊断主要依据临床表现、实验室检查、酶活性测定和基因检测等，具体标准如下：
- 临床表现：患儿通常以生长迟缓和肝大为主诉，常在 4 - 6 岁时出现脾大。部分患儿在青春期阶段肝脏明显缩小，生长发育亦有改善，但也有个别患儿病情持续发展至肝硬化、肝功能衰竭。除肝脏外，肌组织也常被累及，表现为肌无力，在行走过速或爬坡时尤为明显，甚至发生肌痉挛，少数呈进行性肌病。病变涉及心肌者会出现心脏增大和心电图异常。
- 实验室检查
- 血糖测试：空腹时肾上腺素或胰高血糖素试验反应差，若进食数小时后再做试验，则反应正常，此试验可与 von Gierke 病（糖原贮积病 Ⅰ 型）相鉴别。给患儿肌内注射胰高血糖素 0.5mg 后，血糖上升 3 - 4mmol/L（54 - 72mg/ml），且在 2 次试验中乳酸浓度不变。
- 血生化：常见转氨酶升高、空腹低血糖、高血酮、高甘油三酯血症、高肌酸激酶。
- 酶活性测定：通过测定红细胞、白细胞、肝脏或肌肉中的脱支酶活性来诊断，患者的脱支酶活性较正常人明显降低，多数仅为 50% 或更低。红细胞、肌肉或肝脏中有局限性糊精，也有助于诊断。
- 基因检测：检测到 AGL 基因双等位基因评级为致病性或可能致病性变异，包括经典剪接变异、无义变异、移码变异、已知致病性的错义变异或经生物信息软件预测为有害的错义变异，可明确诊断。
肝脏和肌肉活检若发现糖原累积和脱支酶活力缺陷，也可作为诊断依据。对于有家族遗传病史的家庭，进行产前诊断也有助于早期发现该病，可检测培养的羊水细胞或绒毛细胞中的脱支酶，或通过基因检测分析胎儿是否携带致病基因。
