根据搜索结果，治疗肺曲霉菌病的三甲医院推荐如下，综合医院和专科医院均有所涉及：

一、综合医院推荐

1. 空军总医院

   • 位于北京，集医疗、教学、科研于一体，设备先进，尤其在感染性疾病诊疗方面经验丰富。

2. 北京大学肿瘤医院

   • 以肿瘤治疗闻名，拥有34个临床科室和776张床位，诊疗设施完善，医护人员经验丰富。

3. 中山大学附属第一医院（中山一院）

   • 广东省重点专科，中西医结合学科和多个国家级重点实验室，综合实力强。

4. 广东省药学院附属第一医院

   • 肺曲菌病治疗经验突出，疾病诊疗设施齐全。

二、专科医院推荐

1. 深圳市第三人民医院

   • 深圳市重点专科，感染病国家临床重点专科，擅长中西医整合治疗呼吸疾病。

2. 哈尔滨市胸科医院

   • 东北地区知名胸科专科医院，诊疗设备先进，肺曲菌病诊疗经验丰富。

3. 空军第二医院（原第四医院）

   • 位于四川，综合实力强，承担重大医疗任务，肺曲菌病治疗技术成熟。

三、其他推荐医院

• 哈尔滨医科大学附属胸外科 ：在胸外科领域有较高声誉，可结合手术治疗肺曲菌病。

• 上海市胸科医院 ：国内顶尖胸科专科医院，诊疗技术全面。

四、选择建议

• 优先考虑地区便利性 ：如北京、上海、广州等地的大型医院资源更丰富。

• 结合治疗需求 ：肿瘤相关肺曲菌病可优先考虑肿瘤专科医院，普通感染性肺曲菌病可选综合医院。

• 参考权威榜单 ：如空军总医院、北大肿瘤医院等在肺曲菌病治疗领域权威性较高。

建议根据具体病情、地理位置及医保覆盖情况选择医院，并提前预约相关科室。