在手机上申请办理食品许可证，一般可以通过当地市场监督管理部门指定的政务服务APP或相关应用程序进行操作。以下是大致的步骤：

1. 准备所需资料：包括营业执照副本原件的电子版、法人身份证原件的电子版、租赁合同原件的电子版以及门店环境照片等。

2. 下载并注册相关APP：在手机应用商店中搜索“食品经营许可证申请”或当地市场监督管理部门指定的政务服务APP，下载并安装。然后按照提示进行注册并登录。

3. 进入办事页面：在APP首页找到相关的办事服务入口，可能需要点击“法人办事”、“准营准办”或直接搜索“食品经营许可”等关键词来定位到食品许可证申请服务。

4. 填写申请信息：选择“申请食品经营许可证”，按照要求填写申请人信息、企业信息、设备信息等，并确保所填信息准确无误。

5. 上传相关资料：填写完申请信息后，需要上传之前准备好的相关资料，如营业执照、法人身份证、租赁合同和门店环境照片等。

6. 提交申请并等待审核：确认资料上传无误后，点击“提交”按钮，将申请提交给相关部门审核。审核结果一般在3~7个工作日内公布。

总的来说，具体流程可能因地区而异，建议提前咨询当地市场监督管理部门或查看APP内的操作指南。