深圳医保一档二档三档的主要区别在于缴费标准、个人账户设置、就医原则和报销待遇等方面。

缴费标准

深圳医保一档的缴费基数为职工月工资总额，最高为深圳市上年度在岗职工月平均工资的3倍，最低为深圳市上年度在岗职工月平均工资的60%，缴费比例为8.2%或7.2%，其中用人单位缴交6.2%或5.2%，个人缴交2%。深圳医保二档和三档的缴费基数为深圳市上年度在岗职工月平均工资，二档的缴费比例为0.8%，三档的缴费比例为0.55%，其中用人单位和个人的缴费比例有所不同。

个人账户设置

深圳医保一档设有个人账户，个人缴纳的钱全部进入个人账户，可以用于支付医疗费用等。而深圳医保二档和三档没有个人账户，只有统筹账户。

就医原则

深圳医保一档参保人在就医时受到的限制较少，可以到市内任一定点医疗机构使用社保卡就医结算。而二档和三档医保参保人需要选择一家社康中心绑定备案，只有到绑定的社康中心就医才能享受医保待遇。

报销待遇

深圳医保一档参保人在门诊就医时，医保目录内的医疗费用统一由医保支付30%，个人账户支付70%，个人账户不足部分由个人支付。二档和三档医保参保人在门诊就医时的报销比例根据项目而定。在住院报销待遇上，一档参保人连续参保满一年，在同一个医保年度内自付的门诊基本医疗费用和地补医疗费用超市在岗职工平均工资5%的，超过部分由统筹基金按规定支付70%（年满70周岁以上支付80%）。二档和三档医保参保人的住院报销待遇则有所不同。

深圳医保一档、二档、三档在多个方面存在区别，参保人应根据自身实际情况选择合适的档次。