关于车祸住院期间农村合作医疗（新农合）的报销问题，综合相关法律规定和搜索结果，具体说明如下：

一、新农合的报销范围限制

1. 不报销的情形

   新农合仅覆盖因疾病或意外伤害导致的医疗费用，而车祸属于意外事故，不在其保障范围内。

2. 第三方责任的处理

   若车祸有明确第三方责任人（如肇事司机、保险公司等），医疗费用应由第三方承担，新农合不予报销。

二、特殊情况的处理方式

1. 无第三方或第三方逃逸

   若事故无第三方或第三方无法确定，新农合可按比例垫付医疗费用，但需向第三方索赔。

2. 交强险先行赔付

   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交通事故造成的受害人医疗费用，先由交强险在责任限额内赔偿，不足部分由商业保险或侵权人承担。

三、其他注意事项

• 自费项目不报销 ：如自购药品、非指定医院门诊费用、公费医疗目录外的药品等。

• 责任划分的影响 ：若事故由本人违规行为（如酒驾、打架）导致，新农合同样不报销。

四、建议

1. 购买商业保险 ：建议通过商业人身意外伤害保险弥补新农合的不足。

2. 及时报案 ：事故发生后应立即联系交警和保险公司，保留相关证据以便后续索赔。

综上，车祸住院期间新农合通常无法直接报销，需根据事故责任方和自身参保情况，通过交强险、商业保险或第三方索赔途径解决医疗费用问题。