南京和上海都有优秀的儿科医院，它们各有特色，难以简单地评判哪家更好。以下是南京和上海一些知名儿科医院的介绍及对比：
南京医科大学附属儿童医院
- 医院实力：创建于 1953 年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、健康管理于一体的三级甲等综合性儿童医院。是江苏省 “委省共建国家儿童区域医疗中心” 牵头单位，在国家三级公立医院绩效考核中，连续三年取得专科医院最优等级 A 级，连续三年位列全国儿童专科医院第六名、省内第一名。
- 重点专科：拥有 34 个学科，其中 2 个国家临床重点专科、1 个省重点学科（儿科学）、1 个省 “十四五” 医学重点学科、2 个省妇幼健康重点学科、13 个省临床重点专科、3 个省级质控中心。小儿心胸外科是特色专科，新生儿心脏直视手术居国内领先水平。
复旦大学附属儿科医院
- 医院实力：集医、教、研、防、管为一体的综合性儿童专科医院，是全国儿科学重点学科、国家 “211”“985” 和 “双一流” 工程建设单位。在中国医学科学院发布的中国医院科技量值排行榜、复旦大学发布的中国医院最佳专科声誉排行榜和北京大学发布的中国医院最佳临床学科排行榜，医院儿科学均位居前列。
- 重点专科：新生儿科是强项，擅长诊治新生儿疾病、新生儿急危重症、小儿呼吸急救、小儿消化等，现为新生儿先天性心脏病国家级项目办公室。在儿童疑难重症疾病的诊断和治疗方面具有深厚的技术积累和丰富的经验。
上海市儿童医院
- 医院实力：前身是 1937 年创办的上海难童医院，是中国第一家儿童专科医院，是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院。是长三角地区儿童医疗联盟和上海市西部儿联体牵头单位。
- 重点专科：是国内最早开展基因诊断的单位之一，在遗传病、小儿泌尿方面占有优势；也是最早建立儿科心血管专科的单位之一，擅长先天性心脏病的介入和治疗。拥有国家重点学科 1 个（遗传学），国家临床重点专科 2 个，卫生部及上海市重点实验室 1 个，上海市工程技术研究中心 1 个等。
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心
- 医院实力：国家首批 “211 工程”“985 工程” 及 “双一流” 儿科重点建设学科，2017 年获批成为国家儿童医学中心。2010 年成为国内首家通过 JCI 国际医院认证的儿童专科医院，2018 年问鼎上海市政府质量金奖。
- 重点专科：是我国儿童先心病、血液 / 肿瘤和发育行为儿科领域最高水平的中心之一，拥有 8 个国家重点学科、国家临床重点专科。设有国家卫健委儿童血液肿瘤重点实验室、上海市临床分子诊断重点实验室等一批省部级重点实验室、研究所。
总体而言，上海的儿科医院在整体实力和知名度上可能略胜一筹，例如复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心等在全国的排名较为靠前，在科研水平、国际合作、疑难病症诊治等方面有一定优势。但南京医科大学附属儿童医院也具有很强的实力，在江苏省及周边地区享有很高的声誉，在某些专科领域同样达到国内领先水平，并且在区域医疗服务中发挥着重要作用。
