当工程变更导致实际支付金额超过合同金额的10%时，处理方式需根据合同类型和具体情况综合判断，主要分为以下几种情况：

一、合同金额调整的法定情形

1. 固定单价合同

   若合同采用固定单价计价方式，实际工程量或费用超出10%时，双方可协商签订补充协议调整单价或总价。补充协议需经双方一致同意，并符合《民法典》第五百一十条规定。

2. 政府采购合同

   根据《工程量清单计价标准》（2024），政府采购合同履行中追加工程需符合“不得超过原合同采购金额10%”的规定，且仅适用于未在原合同范围内的新增项目。

二、工程变更的常规处理流程

1. 审查合同条款

   首先需明确合同是否允许变更金额超过10%，以及是否属于可调整范围（如固定单价合同与固定总价合同的区别）。

2. 协商与补充协议

   若合同允许调整，双方应就新增费用达成一致，并签订书面补充协议，明确调整后的金额、支付方式等关键条款。

3. 程序性要求

   • 固定总价合同变更需通过招投标程序重新确定；

   • 变更金额超过5万元的，需报建设单位主管部门审查或备案。

三、争议解决途径

• 协商无果时 ：可向仲裁机构申请变更合同条款，或依据《民法典》第五百一十条通过诉讼解决；

• 固定总价合同争议 ：通常需通过诉讼程序解决，因仲裁程序需双方同意参与。

四、注意事项

• 变更申请需在14个工作日内提交，否则可能影响索赔时效；

• 保留好变更原因、计算依据等证据材料，以支持协商或诉讼。

综上，处理工程变更超过10%的核心在于合同类型判断与双方协商，同时需遵循法定程序保障双方权益。