中标后进行清标是合法的，但需符合相关法律法规和招标文件的规定。以下是具体分析：

一、清标的合法性依据

1. 法律框架支持

   根据《招标投标法》第四十条，评标委员会需对投标文件进行评审和比较，包括技术标和商务标（尤其是投标报价）的审核。清标作为评标工作的一部分，旨在确保投标文件真实性、合规性和科学性，属于合法程序。

2. 国际通行做法

   国际招标投标实践中，清标是常见且必要的环节，有助于发现投标文件中的疑义或异常数据，为评标提供基础。

二、清标的主要目的

• 审核投标文件 ：核实投标单位资质、投标报价合理性及投标文件规范性。

• 发现异常 ：筛选出技术指标、商务条款等存在重大偏差的投标文件。

• 保障公正性 ：通过二次评审确保评标结果客观、科学。

三、清标与废标的区别

• 清标 ：在评标阶段进行，属于评标流程的一部分，不改变中标结果。

• 废标 ：在评标后、合同签订前进行，因投标文件严重不符合要求或不可抗力等原因取消中标资格。

四、特殊情形说明

1. 中标后取消中标资格

   若中标人存在串标、提供虚假材料等违法行为，或未实质性响应招标文件要求（如技术标准不达标），招标人可依法取消其中标资格。

2. 不可抗力或招标人变更

   因自然灾害、政策调整等不可抗力，或招标人战略调整、资金问题等合理原因，可取消中标，但需履行法定程序。

五、注意事项

• 清标程序 ：需在评标委员会完成评标后、签订合同前进行，且需书面通知所有投标人。

• 责任承担 ：中标人不得无故废标，否则需承担投标保证金不予退还等法律责任。

综上，中标后清标是合法且必要的环节，但需严格依法依规操作，与废标有本质区别。