新疆社保和内地社保的主要差别体现在以下几个方面：

1. 缴费基数 ：由于各省的经济发展状况不同，新疆和内地的社保缴费基数存在差异。一般来说，内地的一二线城市职工月平均工资要远高于新疆的五六线城市，因此新疆的社保缴费基数相对较低，相应地，每月缴纳的社保金额也会较少。

2. 个人账户 ：本地户口的医保有个人账户，也就是医保卡内有钱，可以刷卡买药，还可以享受门诊报销。而外地户口在新疆的医保是没有个人账户的，只能享受住院报销。

3. 社保转移 ：如果在新疆没有缴纳过社保，需要在新开户缴纳。而之前在其他城市或省份缴纳的社保需要办理转移手续，否则之前缴纳的社保不会自动累计到新的账户上。社保转移需要手动办理，可以选择转移或不转移。

4. 医疗保险 ：新疆和内地的医疗水平存在差异，内地医疗水平相对发达，能够提供更为完善的医疗服务。虽然现在社保可以跨省报销，但报销流程较为复杂，必须到指定的医院才能获得报销。

5. 养老金 ：退休后领取到的养老金会参考当地职工上年度月均工资。由于一二线城市的收入水平较高，每月缴纳的养老金数额较大，因此退休后领取的养老金也会较多。相反，新疆五六线城市的养老金缴费基数较小，退休后领取的养老金会相对较少。如果将异地的养老保险转移到新疆，领取的养老金将按照新疆的缴费基数进行计算。

新疆社保和内地社保在缴费基数、个人账户、社保转移、医疗保险和养老金等方面存在明显差异。对于参保人来说，在本地缴纳社保较为便利，如果两地都缴纳了社保，可以考虑将两地社保合并在一起。