新农合大病二次报销流程如下：

1. 出院时即时结算 ：

• 对于在二甲医院或定点医院就医的新农合参保人员，可以直接在医院收费窗口由医院垫付大病保险赔付资金，出院时依据新农合大病保险比例来报销，不需要额外办理报销手续。

2. 出院后结算 ：

• 如果出院后办理报销结算，则需要携带诊断证明、身份证、参合证原件等材料到新农合结算科进行审核，符合条件者则可拿到新农合补偿款，不符合条件则按照一般住院报销比例进行报销。

3. 医院直接报账 ：

• 因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。新农合报销过后，需要拿着住院收费票据复印件、出院证复印件、新农合报销三连单复印件（有的地方要诊断证明或病历复印件），上面加盖新农合公章到民政部门申请，审批后发放补助。

4. 慢性病报销 ：

• 患者需要向社保中心提出申请，填写正式的申请表，并上报二级以上医院的诊断证明材料。经专家委员会鉴定审核后，办理慢性病证历。患者在指定的医院门诊部看病购药，并在规定的时间内到社保中心予以报销慢性病医疗费用。

5. 其他材料 ：

• 办理大病保险报销时，参保人员需提供以下材料：

• 参合居民身份证或户口簿原件

• 参合证（卡）原件

• 新农合补偿结算单

• 费用清单，或加盖原件收取单位公章的复印件

• 出院小结，或加盖原件收存单位公章的复印件

• 特殊慢性病患者提供慢病证，或者二级以上医疗机构出具的特殊慢性病诊断证明、门诊病历

• 医疗机构费用发票，或加盖原件收存单位公章的复印件。

建议：

• 尽量在出院时办理即时结算，以节省时间和精力。

• 如果需要出院后结算，务必按时携带所有所需材料，以免影响报销进度。

• 对于慢性病报销，要提前了解并准备好相关申请材料和流程。