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甘肃农村合作医疗在新疆是 可以 报销的。以下是具体的报销流程和注意事项：

1. 登记备案 ：在住院前或住院后3日内，拨打老家新农合咨询电话进行住院就医情况的登记备案。

2. 居住证明 ：出院后，必须在居住所在地由街道办事处或居委会出具一份居住证明。如果是在外务工，需有务工单位出具务工证明。

3. 报销材料 ：出院后，需携带以下材料回参合所在地报销：

• 病历复印件

• 汇总明细单

• 住院收费票据

• 出院证明

• 患者身份证

• 合作医疗证

• 居住或务工证明

4. 报销范围 ：

• 药费：辅助检查包括心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额为200元。

• 手术费：参照国家标准，超过1000元的按1000元报销。

• 60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额为200元。

5. 异地报销 ：

• 目前，辽宁、吉林、安徽、海南、四川、贵州、陕西、甘肃、西藏等9个省份的参合人员经规范转诊至跨省定点医疗机构，可享受新农合跨省就医联网结报。

• 异地报销的具体政策和流程可能因地区而异，建议提前咨询当地新农合管理部门或通过官方渠道获取详细信息。

综上所述，甘肃农村合作医疗在新疆是能够报销的，但需要按照规定的流程和材料进行操作，并且报销比例和范围可能会有所不同。建议提前了解并确认当地的报销政策，以确保顺利享受报销待遇。