通过支付宝缴纳灵活就业人员的医疗保险流程如下：

1. 打开支付宝APP ，并输入账号和密码登录。

2. 在支付宝首页，点击“更多”选项。

3. 在“便民生活”类别下，找到并点击“市民中心”。

4. 进入市民中心后，选择“社保”服务。

5. 在社保服务页面，点击“医保缴费”选项。

6. 选择为本人缴费或为他人缴费（如为他人缴费，需输入对方的身份信息）。

7. 确认缴费金额和期限，无误后点击“立即缴费”。

8. 选择支付方式（一般为余额支付或银行卡支付），完成支付过程。

9. 缴费完成后，页面会显示缴费成功的提示信息。

此外，如果您在支付宝中找不到“社保缴费”选项，还可以尝试以下路径：

1. 在支付宝首页依次点击“市民中心”——税务——地方服务——社保缴费。

2. 在首页依次点击“市民中心”——办事大厅——税务——社保缴费。

3. 在首页点击“搜索”——输入“社保缴费”，进入缴费办理界面，输入缴费人身份证号码和姓名，点击“下一步”，对参保信息进行确认并勾选，点击“下一步”，确认缴费信息后点击“提交”，支付方式选择“第三方支付”，再点击“确认缴费”，跳出支付渠道，可选择“建行支付”或“支付宝支付”（目前“银联在线支付”正在测试中），任选其一后点击“确定”，跳出支付界面，输入密码，支付成功，点击“完成”。

请根据您所在地区的具体操作步骤进行操作，确保能够顺利完成缴费。