重庆灵活职工医保一档和二档的区别主要体现在以下几个方面：
- 缴费标准 ：
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一档缴费标准为3075元/年·人。
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二档缴费标准为6765元/年·人。
- 个人账户 ：
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一档：费款全部计入统筹基金，不设个人账户。
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二档：部分费款计入统筹基金，部分划入个人账户。
- 普通门诊统筹报销年度限额 ：
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一档：在职人员800元，退休1200元。
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二档：在职人员3000元，退休人员4000元。
- 特病范围 ：
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一档：特病范围只有四种。
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二档：特病范围与单位参保职工一致，范围更广。
- 缴费比例 ：
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一档：单位缴纳6%，个人缴纳2%，合计8%。
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二档：单位缴纳0.5%，个人缴纳0.5%，合计0.5%。
- 就医原则 ：
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一档：参保人在市内定点医疗机构就医。
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二档：门诊在选定社卫中心就医，经结算医院同意，可在与选定社卫中心同属于一家医疗集团网格内定点医疗机构之间转诊。
- 普通门诊待遇 ：
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一档：每人每年最多可以报销1000元门诊费用，在社区卫生服务中心（含乡镇卫生院）就诊，报销比例为80%，限额200元；在一级医院就诊，报销比例为60%，限额300元；在二级医疗机构就诊，报销比例为50%，限额400元；在三级医疗机构就诊，报销比例为40%，限额500元。
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二档：具体报销比例和限额可能有所不同，建议参考最新医保政策。
综上所述，重庆灵活职工医保一档和二档在缴费标准、个人账户、普通门诊统筹报销年度限额、特病范围、缴费比例、就医原则以及普通门诊待遇等方面存在显著差异。建议根据自身需求和实际情况选择合适的档次进行参保。
