新农合医保在三甲医院的报销流程如下：

1. 就医前准备 ：

• 患者在前往三甲医院就医前，最好在当地新农合定点医疗机构办理转诊手续。若未办理转诊，可能会降低报销比例甚至无法报销。

• 携带本人的身份证、新农合医保卡等相关证件。

2. 住院登记 ：

• 到达三甲医院后，患者需持相关证件到医院的医保窗口办理住院登记手续。

• 将新农合信息录入医院系统，以便后续报销结算。

3. 费用结算 ：

• 在出院时，患者只需支付个人自付部分的费用，新农合报销的部分由医院与医保部门直接结算。

• 医院会根据患者的费用明细，按照新农合的报销政策进行核算，自动扣除报销金额。

报销比例和限制

• 报销比例 ：

• 新农合在三级医院的住院报销比例为30%。

• 省级医院的报销比例不低于50%。

• 异地就医时，个人先支付10%，余额再按照报销比例结算。

• 起付线和年度限额 ：

• 省级医院的起付线不低于1000元。

• 年度限额为15万元，有些地区也达到了20万元。

• 特殊病种报销 ：

• 如果是特殊病报销，需要提供特殊病种的医疗本和发票。

备案流程

• 参保地备案 ：

• 需要老家就医时，由当地医院医生开具转诊证明，然后在参保地社保部门备案。

• 少数地区开通了网上备案通道，可以在社保局官网提交申请，部分地区需要到社保局办理备案。

所需材料

• 报销所需资料 ：

• 出院证、发票、清单、户口本、身份证、农合证等。

• 特殊病种需提供特殊病种医疗本和发票。

其他注意事项

• 直接结算 ：

• 在本省、市、县、乡（社区）定点医疗机构住院的参保患者，出院时在就诊的医疗机构直接结算，自己只需要承担报销后的费用。

• 自行报销 ：

• 因特殊情况没直接结算，就要自己先垫钱，再备齐报销资料，如身份证、银行卡、住院诊断书、发票、医疗费用清单等，出院后，在当地规定时间内到医保局报销。

综上所述，新农合医保在三甲医院的报销流程相对简便，患者只需在就医前办理好转诊手续，住院时携带相关证件进行登记，出院时医院会直接与医保部门结算报销部分。报销比例和限制根据就诊级别和是否为特殊病种有所不同。建议患者提前了解当地的具体报销政策和流程，以确保顺利报销。