合作医疗的住院报销标准如下：

1. 普通住院报销比例 ：

• 镇卫生院 ：报销比例为60%。

• 二级医院 ：报销比例为40%。

• 三级医院 ：报销比例为30%。

2. 辅助检查项目限额报销 ：

• 新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元。

3. 手术费报销 ：

• 手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元的部分按照1000元报销。

4. 60岁以上老年人住院补贴 ：

• 60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元。

5. 大病报销比例 ：

• 一级医疗机构住院费用在400元以下者，不设起付线，补助比例为65%。

• 二级医疗机构补助比例提高到75%~80%。

• 三级医疗机构补助比例提高到55%~60%。

• 省三级医疗机构补助比例提高到55%。

6. 儿童先心病等8种大病新农合补助病种定额的70% ，肺癌等12种大病，新农合补助病种定额力争达到70%。

7. 住院补偿封顶线 ：

• 住院报销总额每人每年累计最高可报销40000元。

8. 其他注意事项 ：

• 住院报销时，患者需提供《合作医疗证》、住院发票原件、出院小结、处方复写件、各种检查报告的复写件、住院费用一日清单、转诊转院证明、《户口簿》及个人有效身份证明件等材料。

建议：

• 在选择医院就诊时，尽量选择报销比例较高的医疗机构，以减少个人负担。

• 对于60岁以上的老年人，住院治疗费和护理费的补贴可以进一步减轻其经济压力。

• 了解并充分利用大病报销政策，对于重大疾病可以获得更高的补助比例。