当刑事案件被害人拒绝进行伤情鉴定时，司法机关会采取一系列措施来处理这种情况。以下是具体的处理流程和可能的法律后果：
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劝说和解释 ：司法机关会首先尝试劝说被害人，解释伤情鉴定对于案件认定、追究犯罪嫌疑人责任以及被害人自身权益保障的重要性。如果被害人仍然拒绝，可能会被告知不配合鉴定的法律后果。
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强制鉴定 ：如果被害人无正当理由拒绝配合伤情鉴定，公安机关可以在立案后采取强制措施进行鉴定。这意味着公安机关将负责执行伤情鉴定，并可能根据现有证据和情况得出鉴定意见。
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文证检验 ：在某些情况下，如果被害人拒绝鉴定且无法进行活体检验，公安机关可以依据现有的病历、图像、检验报告、诊断书等文证进行检验，并得出鉴定意见。
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记录在案 ：如果被害人无正当理由拒绝鉴定，公安机关会将此情况记录在案，并视其为拒绝鉴定。这可能会影响后续的法律程序，例如在量刑时可能无法准确评估被害人的伤情。
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调解和处罚 ：对于因特殊原因暂时无法进行鉴定的情况，被害人应及时与侦查机关沟通并说明情况。如果调解达成协议，按调解案件处理；如果调解不成，公安机关将依据现有材料对行为人进行处罚，并告知当事人可以就民事争议依法向人民法院提起民事诉讼。
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影响量刑 ：被害人拒绝伤情鉴定可能会影响对犯罪嫌疑人量刑的精准度，特别是在无法确定伤情程度的情况下。
综上所述，被害人拒绝进行伤情鉴定时，司法机关会先尝试劝说和解释，若仍拒绝则可能采取强制鉴定等措施。被害人应认识到伤情鉴定对于自身权益保障的重要性，并在特殊情况下及时与侦查机关沟通，以避免可能的法律后果。