三甲医院聘用制与合同制的区别主要体现在以下几个方面：
- 法律依据 ：
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聘用制工作人员适用《事业单位人事管理条例》等相关法律规定。
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合同制工作人员适用《劳动合同法》等相关法律规定。
- 档案问题 ：
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聘用制工作人员的档案归属为医院人事部门或人力资源市场。
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合同制医生的档案归属为医院人事部门或人力资源市场，在编医生档案归本地卫生局存档。
- 雇佣方式 ：
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聘用制工作人员与医院签订聘用合同，为雇佣关系。
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合同制医生与医院签订劳动合同，为雇佣关系。
- 薪资待遇 ：
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聘用制工作人员工资由地方财政负责。
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合同制医生工资为医院自主开支，编制医生是根据医生资格、职称、学历、岗位制定工资标准。
- 福利保障 ：
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聘用制工作人员缴纳保险依医院福利待遇制度而定。
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在编医生为各地卫生部门统一按劳动法律缴纳保险福利。
- 退休待遇 ：
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聘用制医生拿的是养老保险金（退休前每月交保险的回馈）。
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在编医生拿的是退休金（退休前基本工资的80%以上）。
- 管理监督部门 ：
- 事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。
- 适用范围 ：
- 狭义劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。
- 政府干预程度 ：
- 编制管理、经费管理、工资制度等方面，事业单位仍实行较为严格的管理和监督。
- 工作稳定性 ：
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事业编护士的工作相对较为稳定，一般情况下不会轻易被解聘。
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合同制护士的工作稳定性相对较低，合同期满后医院可能根据需要决定是否续签。
- 职业发展 ：
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事业编护士在职称晋升、岗位调整等方面可能更有优势。
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合同制护士的职业发展可能受到一定限制。
- 管理方式 ：
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事业编护士通常受到医院更为严格的管理和考核。
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合同制护士的管理相对较为灵活。
这些区别反映了聘用制和合同制在三甲医院中的不同应用和管理方式，合同制更侧重于市场化的雇佣关系，而聘用制则更多地与事业单位的人事管理相关联。
