医院合同制员工和在编员工的区别主要体现在以下几个方面：
- 福利待遇 ：
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在编员工 ：通常享受相对优厚的福利待遇，如医疗保险、住房公积金、年终奖等，这些待遇较为稳定且全面。
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合同制员工 ：福利待遇通常仅包括合同中规定的工资和福利，可能较为有限，且受医院经济效益影响较大。
- 职业发展机会 ：
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在编员工 ：享有更多的职业发展机会，晋升和加薪的机会往往倾向于在编员工，职业稳定性较高。
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合同制员工 ：晋升机会相对较少，可能需要更长时间处于当前职位，缺乏更多的发展空间。
- 工作稳定性 ：
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在编员工 ：职位相对稳定，除非出现重大错误或政策调整，一般不会被解雇。
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合同制员工 ：可能面临更频繁的职位变动，职业规划和生活质量可能受到影响。
- 档案管理 ：
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在编员工 ：档案在本地卫生局存档，属于公务员待遇。
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合同制员工 ：档案归属为医院人事部门或人力资源市场。
- 聘请方式 ：
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在编员工 ：由本地卫生局招聘入编制，分配到具体工作的医院上班。
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合同制员工 ：与医院签订劳动合同，为雇佣关系。
- 工资发放与调整 ：
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在编员工 ：工资根据人员资格、职称、学历、岗位制定标准，且统一执行国家卫生部门工资调整。
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合同制员工 ：工资为医院自主开支，级别工资调节依据医院自身工资管理制度而定。
- 退休待遇 ：
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在编员工 ：拿退休金，是退休前基本工资的80%以上。
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合同制员工 ：拿养老保险金，是退休前每月交保险的回馈。
综上所述，医院合同制员工和在编员工在福利待遇、职业发展、工作稳定性、档案管理、聘请方式、工资发放与调整以及退休待遇等方面存在明显差异。在编员工在职业稳定性和福利待遇方面具有优势，而合同制员工则可能更具工作热情和灵活性，但需要承担较大的职业风险。