合作医疗卡和社保卡的区别主要体现在以下几个方面：
- 应用范围不同 ：
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社保卡 ：应用领域广泛，可用于人力资源和社会保障等，不仅涵盖了医保卡的作用，还可以享受养老、工伤、生育保险等功能。
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合作医疗卡 （新农合）：应用范围较窄，主要用于医疗保障范畴，如医疗诊断或住院等涉及医疗而产生的保障以及报销。
- 使用范围不同 ：
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社保卡 ：执行全国统一标准，全国通用，可以在任何指定的医疗机构使用。
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合作医疗卡 ：通常只能在固定区域内使用，如只能在参保地的基层医疗机构使用，跨区域看病需要先备案并自费后再报销。
- 安全等级不同 ：
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社保卡 ：安全等级较高，采用了全国统一的三层密钥管理体系，难以被复制。
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合作医疗卡 ：安全等级较低，容易被复制。
- 概念不同 ：
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社保卡 ：由各地人力资源和社会保障部门面向社会发行，用于人力资源和社会保障各项业务领域的集成电路卡。
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合作医疗卡 ：是农村户口购买的医疗保险卡，主要用于农村地区的医疗保障。
- 功能不同 ：
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社保卡 ：不仅具有医保卡功能，还是办理各项社保业务的重要凭证，例如领取失业金等。
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合作医疗卡 ：仅限于医保功能，只能用来享受医保待遇。
- 发卡的地方不同 ：
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社保卡 ：由各地人力资源和社会保障部门面向社会发行。
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合作医疗卡 ：由当地指定代理银行承办。
- 参保对象不同 ：
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社保卡 ：参保对象是在企业单位工作且参加对应的社会保险人员。
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合作医疗卡 ：参保对象为农村的农民，通常以家庭为单位整户参加。
- 缴纳方式不同 ：
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社保卡 ：由用人单位和职工共同缴纳，是强制性的。
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合作医疗卡 ：由参保人负担全部费用，是自愿参加的。
综上所述，社保卡和合作医疗卡在应用范围、使用范围、安全等级、概念、功能、发卡地方、参保对象和缴纳方式等方面都有明显的区别。社保卡功能更为广泛，适用于人力资源和社会保障等多个领域，而合作医疗卡主要用于农村地区的医疗保障。