农村合作医疗（新农合）与五险中的医疗保险存在冲突，因此不需要同时缴纳 。具体依据如下：
- 法律依据 ：
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《中华人民共和国社会保险法》第二十六条规定，职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
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该法明确国家建立包括基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险在内的社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
- 保险覆盖范围 ：
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农村合作医疗是由卫生部管理，主要针对农村人口，一年缴纳一次，属于个人行为。
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五险中的基本医疗保险由各地社保或医保部门管理，主要针对城镇职工，由用人单位和劳动者共同缴纳。
- 报销原则 ：
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如果同时参保，当个人生病就医发生医疗费用时，只能享受城镇职工医疗保险待遇，由基本医疗保险基金按规定支付医疗费用，不能同时享受新农村合作医疗待遇。
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双重购买没有实际意义，因为医疗保险的报销范围和服务对象存在重叠。
综上所述，有农村合作医疗的情况下，公司仍然需要为员工缴纳五险，但不需要再额外缴纳农村合作医疗。五险中的基本医疗保险与农村合作医疗在报销范围和服务对象上存在冲突，因此选择其中一项即可。
